Florian Carl absolvierte sein Studium der Musikwissenschaft, Afrikanistik und Ethnologie an der Universität zu Köln sowie der University of Chicago. Seine akademische Laufbahn begann er von 2004 bis 2007 als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Hochschule für Musik, Theater und Medien in Hannover, wo er 2007 mit einer Arbeit über Musik und Migration zwischen Westafrika und Deutschland promovierte. Ab 2009 war er als Hochschullehrer an der University of Cape Coast in Ghana tätig, wo er von 2014 bis 2019 das Department of Music and Dance leitete. Als Humboldt-Stipendiat forschte und lehrte er von 2021 bis 2023 am Institut für Musik der Carl von Ossietzky Universität Oldenburg. Von 2023 bis 2025 vertrat er die Professur für Musikethnologie am Musikwissenschaftlichen Institut der Universität zu Köln. Zum April 2025 wurde er als Professor für Musikethnologie an die Folkwang Universität der Künste berufen.